Setelah kekosongan kepemimpinan yang kedua, Sayyid Agil melanjutkan perjuangan Pesantren Bulus. Tentunya, dalam memulai kembali perjuangan tidaklah mudah. Selain tidak adanya santri yang mukim, juga bangunan yang sudah rusak menunjukkan sudah tidak berumur muda lagi berdirinya pesantren ini.
Sayyid Agil lahir pada tahun 1918 M di Bulus dari pernikahan Sayyid Muhammad dengan R.A Salimah. Seperti pada umumnya, sebelum beliau memulai rihlah ilmiyyah (nyantri) ke berbagai pesantren, beliau belajar dan mengaji kepada ayahandanya langsung. Namun, saat Sayyid Agil baru berusia 12 tahun, ayahandanya wafat. Hal ini menjadi titik awal perjalanan ilmiah atau perjalanan nyantri Sayyid Agil dimulai.
Pesantren yang menjadi tujuan pertama yang disinggahi oleh Sayyid Agil adalah Pesantren Watucongol, Magelang di bawah asuhan K.H Dalhar. Di sana beliau belajar Al-Qur’an dan beberapa disiplin ilmu dasar. Hubungan antara Sayyid Agil dengan gurunya sangatlah dekat. Bahkan menurut cerita masyhur, beliau sampai diangkat putra oleh Simbah K.H Dalhar.
Setelah nyantri di Watucongol, beliau melanjutkannya ke daerah Kebumen. Pesantren Lirap ini memiliki ciri khas sebagai pesantren yang mengunggulkan dan mengutamakan ilmu alat, seperti Nahwu, Shorof, Balaghoh, dsb. Di bawah asuhan Simbah K.H Ibrahim inilah beliau mendalami ilmu alat dan Bahasa Arab. Selepas itu, beliau melanjutkan rihlah ilmiyyah-nya di bawah bimbingan Simbah K.H Maksum Lasem, Rembang. Beliau belajar dan mengaji banyak disiplin ilmu di pesantren ini, dari ilmu Fiqh, Tasawuf, Tafsir, Tauhid dan sebagainya. Beliau juga mendalami ilmu Fiqh kepada K.H Maksum, dari tahapan Fiqh dasar seperti kitab Fathul Qarib hingga kitab Muhadzab, Mahalli dan sebagainya. Pesantren yang menjadi tempat menimba ilmu beliau selanjutnya adalah Pesantren Al-Iman Magelang yang diasuh oleh Sayyid Sagaf. Di sini, beliau mendalami Hadits dan Lughoh ‘Arobiyyah.
Setelah beberapa pesantren beliau singgahi, beberapa tahun beliau habiskan untuk menimba ilmu, serta beberapa ulama’ sudah menjadi guru-guru beliau, akhirnya beliau pulang ke tempat kelahirannya dan mukim di desa Bulus. Selepas itu, beliau menikah dengan Sayyidah Salmah as-Segaf dan dikaruniai putra-putri, yaitu:
- Sayyid Muhammad (tinggal di Surabaya)
- Syarifah Nikmah (wafat pada usia dini)
- Sayyid Alwi (tinggal di Kudus)
- Sayyid Hasan (Pengasuh Pondok Pesantren Al-Iman Bulus)
- Syarifah Anisah (tinggal di Purworejo)
Pepatah mengatakan, satu butir gula akan mengundang segerombolan semut. Meskipun Pesantren Bulus berada di tengah belantara yang jauh dari hiruk pikuk suasana perkotaan, dengan singgahnya Sayyid Agil di Bulus tentunya mengundang banyak santri yang ingin menimba ilmu dari beliau. Pasalnya beliau adalah sayyid, seorang ‘alim yang mendalam pemahamannya.
Jadi, setelah kekosongan pengasuh yang berlangsung beberapa tahun serta tidak adanya santri yang mukim di Bulus, Sayyid Agil melanjutkan perjuangan untuk memimpin Pesantren Bulus. Perbaikan bangunan, penataan sistem dan pembenahan kurikulum pun dilaksanakan. Berbagai cara dilakukan agar Pesantren Bulus kembali berfungsi dan melahirkan para santri yang tetap berpegang teguh pada prinsip Ahlus Sunnah Wal Jama’ah.
Dalam sejarah perkembangan Pesantren Bulus, tanpa bermaksud menafikan tokoh lainnya, Ustadz Agil adalah tokoh yang paling berpengaruh di dalamnya. Beliau adalah sang tokoh revolusioner Pesantren Bulus dengan berbagai terobosan-terobosan brilian yang jauh melampaui ulama’-ulama’sezamannya. Beliau juga yang memperbaharui serta menyempurnakan sistem-sistem yang telah dicanangkan oleh tokoh-tokoh sebelum beliau.
Seperti yang telah kita ketahui pada keterangan di atas bahwa pada era Sayyid Muhammad Pesantren Bulus telah menerapkan sistem klasikal madrasi. Nah, pada era Ustadz Agil, sistem tersebut diperbarui, disempurnakan, dan juga diformalkan. Pada era kepemimpinan beliau, di Pesantren Bulus mulai ada sistem madrasah formal, yakni Madrasah Tsanawiyyah dan Aliyah. Selain itu, pelajaran-pelajaran umum, seperti Bahasa Indonesia, Bahasa Inggris, Matematika, dsb, juga sudah mulai ada. Padahal pada era itu, banyak ulama’-ulama’ sekitar beliau yang masih mengharamkan sistem mereka dimasuki pelajaran-pelajaran tersebut, dengan dalih seakan meniru orang Belanda.
Sebenarnya pada era Ustadz Agil, di Pesantren Bulus sudah ada MI (Madrasah Ibtida’iyyah). Karena pemerintah desa Bulus mendirikan lembaga SD (Sekolah Dasar), maka pihak pesantren mengalah dan mengurungkan diri dari melanjutkan MI tersebut, dan ada lagi pada era Ustadz Hasan.
Konsep sorogan di Pesantren Bulus sudah mulai ada sejak era Ustadz Agil. Sorogan yang dimaksud adalah seperti sorogan yang kita kenal sekarang, yakni santri membaca kitab di hadapan guru, seperti sorogan pada pagi hari di madrasah (Tsanawiyyah dan Aliah) maupun pada malam hari saat MMA (Madrasah Malam Al-Iman). Selain itu, ngaji ndalem yang kita kenal sekarang juga mulai ada sejak era kepemimpinan beliau. Artinya, sebelum era beliau ngaji ndalem belumlah ada.
Setiap bangsa dan peradaban, dapat diketahui, dikenal serta dikenang oleh generasi selanjutnya tak hilang ditelan masa, salah satunya karena setiap bangsa dan peradaban itu memilki nama. Bahkan, terkadang nama itu merepresentasikan suatu hal yang memiliki nama tersebut. Sama halnya dengan pesantren dan lembaga-lembaga lainnya. Pada era Simbah Ahmad Alim hingga masa Sayyid Muhammad, pesantren ini dikenal dengan nama Pesantren Bulus. Kemudian diganti nama menjadi Pesantren al-Islamiyyah oleh Sayyid Dahlan. Namun, setelah mengalami kekosongan kepemimpinan yang kedua, Pesantren al-Islamiyyah diganti namanya oleh Sayyid Agil menjadi Pondok Pesantren Al-Iman. Beliau memberikan nama Al-Iman bermaksud tafa’ulan (mengharap kebaikan) kepada gurunya, Sayyid Sagaf yang mengasuh Pesantren Al-Iman Magelang. Selanjutnya, beliau menerapkan sistem yang kemudian menjadi identitas Pesantren Al-Iman saat ini. Beliau mengadopsi sistem pembelajaran dasar Pesantren Lirap, yang fokus mendalami ilmu-ilmu alat seperti Nahwu, Shorof, Balaghoh dan sebagainya. Selain mengajari ilmu syari’at dan Tasawuf kepada santri-santrinya, Sayyid Agil juga memberikan ijazah Tarekat ‘Alawiyyah. Beliau mendapatkan sanad dari ayahandanya, Sayyid Muhammad Ba’abud.
Sayyid Agil wafat pada hari Jum’at Wage, 7 Dzulqo’dah 1409 H/3 Juli 1987 M. Setelah itu Pengasuh Pondok Pesantren Al-Iman Bulus dilanjutkan oleh putra ketiganya, yakni Al-Ustadz Hasan Ba'abud, putra ketiga Sayyid Agil. Banyak sekali perbaikan dan pembaharuan di era Ustadz Hasan, baik dalam perbaikan dan penambahan sarana prasarana maupun perbaikan sistem pendidikan, dengan tetap mempertahankan identitas Pondok Bulus.
Begitulah sekilas tentang sejarah singkat Pondok Bulus dan sedikit profil Masyayikh Bulus. Semoga kita semua senantiasa diberi kekuatan dan kesadaran untuk tetap semangat dan giat dalam menimba ilmu, serta bisa memantaskan diri supaya layak, pantas dan patut diakui Santri Bulus. Amin Ya Robbal ‘Alamin.